{"id":15632,"date":"2021-02-03T10:10:47","date_gmt":"2021-02-03T09:10:47","guid":{"rendered":"https:\/\/tls.giangocomunicazione.it\/il-dato-al-centro-la-bioinformatica-al-servizio-delle-scienze-della-vita-apre-nuovi-modi-di-indagine-e-interpretazione\/"},"modified":"2021-02-03T10:10:47","modified_gmt":"2021-02-03T09:10:47","slug":"il-dato-al-centro-la-bioinformatica-al-servizio-delle-scienze-della-vita-apre-nuovi-modi-di-indagine-e-interpretazione","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.toscanalifesciences.org\/it\/news-e-eventi\/il-dato-al-centro-la-bioinformatica-al-servizio-delle-scienze-della-vita-apre-nuovi-modi-di-indagine-e-interpretazione\/","title":{"rendered":"Il dato al centro: la bioinformatica al servizio delle scienze della vita apre nuovi modi di indagine e interpretazione"},"content":{"rendered":"

Intervista a Romina D\u2019Aurizio, ricercatrice presso l\u2019Istituto di Informatica e Telematica (IIT) del CNR di Pisa<\/strong><\/p>\n

Dal 2019 \u00e8 presente presso Toscana Life Sciences l\u2019IIT<\/a> del CNR di Pisa, realt\u00e0 incubata come Laboratorio di Bioinformatica e Genomica Computazionale; \u00e8 Romina D\u2019Aurizio che oggi ci conduce nel mondo della bioinformatica.<\/p>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

Romina, innanzitutto parlaci un po\u2019 di te e di cosa ti occupi<\/em><\/strong><\/p>\n

Professionalmente nasco come matematica ma sono da sempre appassionata di biologia e medicina. Per questo, anni fa ho partecipato a una delle prime edizioni del Master in bioinformatica dell\u2019Universit\u00e0 di Siena per poi proseguire la mia formazione ed esperienza con un dottorato e un periodo post doc di tre anni nel gruppo di Bioinformatica e Systems Biology di Novartis a Siena. In quegli anni ho concentrato la mia attivit\u00e0 di ricerca principalmente su virus e batteri. E\u2019 con il CNR, poi, che i miei studi si sono focalizzati sempre di pi\u00f9 sull\u2019uomo, con particolare riferimento ai tumori e alle malattie genetiche ereditarie.<\/p>\n

Come opera il vostro Istituto e quali progetti segue?<\/em><\/strong><\/p>\n

L\u2019istituto ha una lunga tradizione di ricerca e sviluppo tecnologico legata alla rete e alle sue evoluzioni tecnologiche e sociali, tra cui anche l’algoritmica applicata a Internet. L\u2019unit\u00e0 di ricerca “Algorithms and computational mathematics” di cui faccio parte \u00e8 composta da una decina di matematici e informatici e ha investito negli ultimi dieci anni in ricerca in ambito bioinformatico grazie a un team di 3 persone: di per s\u00e9 una nicchia ma davvero molto focalizzata. Da tre anni sono ricercatrice e sto cercando sempre di pi\u00f9 di definire la mia linea di ricerca in genomica computazionale traslazionale, grazie alle numerose collaborazioni e al supporto che ho da parte dei 5 studenti (tesisti e dottorandi) che lavorano con me. Colgo l\u2019occasione per dire che stiamo cercando ulteriori figure che possano affiancarci in questo lavoro, per le quali sono state aperte due borse di dottorato (maggiori informazioni qui<\/a> e qui<\/a>.<\/p>\n

Bioinformatica: si tratta di un approccio consolidato alla biologia e alle scienze della vita ma in continua evoluzione. Ce ne puoi parlare meglio?<\/em><\/strong><\/p>\n

E\u2019 un approccio multidisciplinare che ha come obiettivo quello di supportare la ricerca biologica e medica con strumenti analitici (modelli matematici e statistici, algoritmi computazionali etc.) per riuscire ad analizzare dati sperimentali complessi e clinici ed estrarre informazioni rilevanti oltre che trovare correlazioni nascoste tra dati apparentemente eterogenei. Si tratta sicuramente di una disciplina piuttosto nuova, soprattutto in Italia, e i primi ad occuparsene lo hanno fatto soprattutto con un apprendimento sul campo, se cos\u00ec si pu\u00f2 dire. Da qualche anno invece esistono corsi di laurea specifici, anche se non molti, nel nostro Paese ed \u00e8 un approccio che si sta facendo strada nell\u2019ambito della ricerca scientifica con sempre pi\u00f9 figure dedicate e specializzate che entrano in supporto ai team di ricerca e che, mettendo i dati al centro della propria indagine, aprono anche ad un nuovo modo di vedere e interpretare le evidenze scientifiche. E\u2019 un approccio all\u2019avanguardia ma anche il germe del futuro verso il quale si stanno indirizzando la biologia, la medicina e le scienze della vita in genere.<\/p>\n

Un\u2019applicazione di questo approccio \u00e8 sicuramente rappresentata dalla medicina di precisione, per la quale \u00e8 possibile una sempre maggiore e migliore profilazione sia dei pazienti sia delle patologie. L\u2019avanzamento tecnologico e gli strumenti informatici giocano sicuramente un ruolo importante ma non \u00e8 tutto poich\u00e9 molto \u00e8 dovuto proprio all\u2019avanzamento nell\u2019approccio e alla nuova visione che ne scaturisce, una vera e propria rivoluzione in ambito medico e clinico.<\/p>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

Parlaci di alcuni progetti che segui<\/em><\/strong><\/p>\n

Tanta parte del mio lavoro \u00e8 anche dedicata alla scrittura di progetti e alla ricerca di fondi, oltre all\u2019instaurarsi di numerose collaborazioni e partnership con enti e aziende (tra cui ISPRO, Siena Imaging e BiOMVis tutte opportunit\u00e0 presentatesi grazie al modello TLS). Mi occupo di diversi progetti in ambito medicina di precisione. Infatti, come IIT siamo risultati assegnatari del Bando Salute 2018 di Regione Toscana per la Diagnostica di precisione, finanziato per la messa a punto di test diagnostici per tumore al colon basati su biomarcatori multiomici.<\/p>\n

Un altro progetto piuttosto grosso sul quale sto lavorando \u00e8 quello in collaborazione con l\u2019U.O. Genetica Medica dell\u2019IRCSS Policlinico Sant\u2019Orsola di Bologna sullo sviluppo di metodi avanzati di analisi di dati genomici in diagnostica: si studiano le varianti genomiche strutturali che possono avere un ruolo nelle malattie genetiche e che con metodi allo stato dell\u2019arte non si riescono ancora ad identificare.<\/p>\n

Quali criticit\u00e0 si riscontrano in questo tipo di ricerca e, in particolare, nell\u2019applicazione delle competenze bioinformatiche?<\/strong><\/p>\n

In termini organizzativi \u00e8 spesso complicato interfacciarsi all\u2019interno di team multidisciplinari dove i background scientifici sono molto diversi ma l\u2019obiettivo \u00e8 quello di trovare la sinergia giusta sia nella comunicazione sia nelle modalit\u00e0 di lavoro. Per fare questo sar\u00e0 sempre pi\u00f9 importante il coinvolgimento delle competenze bioinformatiche gi\u00e0 nella fase di startup del progetto perch\u00e9 da questo ne deriva la possibilit\u00e0 di condividere e costruire insieme il disegno sperimentale della ricerca stessa.<\/p>\n

Perch\u00e9 TLS e quali i pro e contro di un ambiente come questo?<\/strong><\/p>\n

Ho personalmente insistito tantissimo nell\u2019inserimento di una parte dell\u2019Istituto all\u2019interno di un incubatore come quello di TLS perch\u00e9 sono sempre stata convinta dei possibili vantaggi che ne sarebbero scaturiti. Le partnership e progettualit\u00e0 che sono nate, come quelle con ISPRO, Siena Imaging e BiOMVis e che potranno nascere in futuro ne sono un esempio. Oltre al fatto che mi permette di avere un confronto e uno scambio continuo con molte realt\u00e0 operanti nei settori biologico e medtech perch\u00e9 rappresentano uno stimolo per il tipo di lavoro che svolgo. Un esempio pu\u00f2 essere anche la mia capacit\u00e0 di fare da link tra un piccolo gruppo che sperimenta in proprio producendo piccole quantit\u00e0 di dati ma magari non riesce a gestire moli pi\u00f9 ampie di informazioni (come ad esempio le mappe internazionali di profilazione dei tumori) per le quali il lavoro del mio team pu\u00f2 essere prezioso nel dare risposte e individuare corrispondenze e associazioni con altri studi molto pi\u00f9 grandi.<\/p>\n

Quello che invece mi manca di pi\u00f9 \u00e8 vivere quel contesto di seminari e conferenze di aggiornamento che sono pi\u00f9 tipici del mondo universitario e che forse si potrebbe pensare di prevedere anche in un ambiente come TLS, a parte ovviamente questo periodo di emergenza COVID-19 che al momento non ce lo consente.<\/p>\n

\u00a0<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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